國網能源研究院新能源研究所所長李瓊慧表示，2012年底發放截至2011年4月的補貼，相差一年半的時間，正常的發放周期一般是半年。
　　在業內人士看來，補貼資金的不按時發放帶給企業的影響已顯而易見。畢竟，對于大部分從事電站開發的企業而言，其資金來源以銀行貸款居多，本身并不充裕的現金流可能會因此而雪上加霜。此外，也會進一步吞噬企業的電站投資收益。

　　改革突破口
　　補貼資金屢遭拖欠的背后，則是資金缺口的不斷擴大。
　　根據我國現行的相關規定，用于支持發展可再生能源的資金主要來自于可再生能源發展基金。該基金的資金來源，包括國家財政公共預算安排的專項資金和依法向電力用戶征收的可再生能源電價附加收入等。
　　進一步來看，來自于國家財政公共預算安排的專項資金主要用于發展包括金太陽、屋頂光伏計劃在內的專項工程；而電價附加，則用來支持發展包括大型地面電站等沒有列入專項工程的項目，主要從除西藏自治區以外的全國范圍內，對各省、自治區、直轄市扣除農業生產用電（含農業排灌用電）后的銷售電量征收，征收標準為8厘/千瓦時。
　　國家電監會近日發布的一份有關節能減排的報告也稱，隨著風電、太陽能發電機組的迅猛發展，可再生能源電價附加所收取的資金遠遠難以滿足補貼需求，缺口越來越大，入不敷出，截止2011年底，資金缺口達110億元，且補貼支付滯后。
　　據民生證券電力設備新能源首席分析師王海生測算，2012年全年預計用電4.5萬億度，按照8厘/千瓦時征收標準，可收可再生能源附加約為300億元。2012年，風電發電量大約為1000億度，需補貼部分約為200億元；光伏上網電價項目估計發電30億度，需補貼20億元；生物質發電補貼需要補貼80億元，總計約300億元。
　　這也就意味著，這部分資金僅夠維持當年的支出。但顯而易見的是，對于一個發電周期為25年的光伏電站而言，除了要維持當年的增量補貼支出外，還需要保證上一年以及更早的存量資金需求。因此，在每年的全社會用電量無大變化的情況下，資金缺口將會越來越大。
　　國務院研究室綜合司副司長范必認為，針對補貼資金缺口的問題，應該通過調整現有政策來充分挖掘其潛力，比如財政資金應從補貼裝機改為補貼發電量；各類補貼資金應從補貼發電端改為補貼分布式光伏發電用戶端。在資金使用上，應通過招標競爭降低光伏補貼成本，從而用盡可能少的資金補貼盡可能多的電量產出。
　　除了資金缺口外，另外的爭議則來自于補貼資金實際發揮的效果。在一些人士看來，由于對金太陽示范工程等采取的是按初裝費補貼的方式，其不可避免的會出現部分企業騙補以及電站的發電量無法保證等問題。
　　國家應對氣候變化戰略研究和國際合作中心主任李俊峰認為，如果新推出的一些項目還按照金太陽工程的補貼方式，將會遇到補貼資金需求過大以及電站質量無法保證等問題。因此，需要更改為按度電補貼的方式，以便最大限度地發揮資金的效果。
　　管理層顯然也注意到了這種弊端，統一按度電補貼可能已是大勢所趨。最近有媒體報道稱，分布式光伏發電補貼標準經過多輪討論后，現在方案已基本成形，補貼方式將與地面電站相同，即以發電量為標準進行補貼。
　　不過，根據現有數據測算可以發現，對于同樣規模的電站，如果按照度電補貼模式，位于西部的地面電站所需要的資金，要遠遠超過金太陽工程項目，這反過來可能會進一步增加對補貼資金的需求。